La prescripción de los delitos era el principal obstáculo para las investigaciones y responsabilidades penales que, para los crímenes más graves, se configuraba en veinte años y seis meses luego de cometidos. Pero en la medida que la Corte IDH condenó al Estado uruguayo a investigar y, eventualmente, sancionar a los responsables de las graves violaciones de derechos humanos ocurridos durante la dictadura, considerando a estos delitos como de lesa humanidad y, por ende, imprescriptibles, el problema desaparecía.

La cuestión fue que a los tribunales uruguayos les resultaba difícil aplicar el Derecho Internacional y no había experiencia sobre sentencias de la Corte IDH (esta fue la primera) y, en medio de muchas dudas, hubo confusiones y problemas para cumplir con la sentencia y aceptar que se está frente a delitos de lesa humanidad imprescriptibles.

En este esquema, la jurisprudencia nacional evolucionó en dos líneas. Por un lado, y rápidamente, la mayoría de los jueces, recurriendo a la máxima de que al justamente impedido no le corren los plazos, consideró como no idóneos a los efectos de la prescripción el lapso transcurrido durante la dictadura militar (1973 – 1985). A continuación, entendió que el lapso transcurrido entre la aprobación de la ley de caducidad (diciembre de 1986) y el momento en que cambió la jurisprudencia de la Suprema Corte y se comenzó a declarar la inconstitucionalidad de la ley de      caducidad (octubre de 2009), tampoco era lapso idóneo. Incluso el período comprendido entre el retorno al Estado de Derecho y la ley de caducidad tampoco se computa ya que, antes de que se interrumpieran los plazos de prescripción conforme a derecho, la ley 15.848 dispuso el archivo de las actuaciones.

En este esquema, los delitos más graves prescriben a los veinte años de cometidos, pero en este caso se aplica una extensión del plazo conforme el Código Penal (artículos 117 y 123), por lo que el lapso comenzó a correr en 2009 y recién se configurarán prescripciones en 2035. De esta forma, sin recurrir a la noción de delitos de lesa humanidad, la jurisprudencia nacional ha llegado a los mismos objetivos finales que surgen de la sentencia de la Corte IDH.

Una segunda línea de evolución se aprecia en que, en general, ha venido aumentando dentro del Poder Judicial la aplicación del Derecho Internacional de los Derechos Humanos y las referencias a la jurisprudencia de la Corte IDH. Dentro de esta línea se aprecia un aumento considerable en el número de jueces que consideran que los delitos comprendidos en la ley de caducidad deben catalogarse como de lesa humanidad y, por lo tanto, son imprescriptibles.