Frente al dictado de esa resolución, una ONG inició un juicio en el que pidió que se declarase su inconstitucionalidad y que se ordenara a la Dirección General de Escuelas que se abstuviera de hacerla cumplir. Los tribunales provinciales rechazaron el reclamo y, por ese motivo, la ONG acudió a la Corte Suprema.

En lo esencial, se sostuvo que tanto la resolución, como su convalidación por parte de los tribunales mendocinos, importaba una violación de las libertades de pensamiento, conciencia y religión, a escoger el tipo de educación para los hijos, a la honra y a la dignidad, a la intimidad y a la igualdad. En ese sentido, sostuvo que las dos festividades eran actos de culto y adoctrinamiento de la fe católica por lo que su inclusión en el calendario escolar resultaba discriminatoria para quienes no profesaban dicha religión, mayoritaria en la provincia (y en la Argentina).

La Corte Suprema rechazó el reclamo de la ONG. Para ello, sostuvo que ambos actos carecían de contenido religioso. El núcleo del argumento de la Corte se basa en esta afirmación: “La utilización por parte de los miembros de una comunidad de un símbolo en su origen religioso con un sentido secular no implica en modo alguno la aceptación por parte de ellos de su significado religioso. De esta manera, se produce una suerte de transformación de la significación del signo, un vaciamiento de su estricto contenido religioso, que permite garantizar la vigencia del principio de neutralidad estatal sin que resulte necesaria su exclusión del ámbito público”.

Por lo tanto, la Corte estuvo de acuerdo con la defensa que había propuesto la Dirección General de Escuelas mendocina. Los dos actos formarían parte de una tradición local, bicentenaria en el caso de la Virgen de Carmen de Cuyo y que se remontaría hasta el siglo XVI en el caso del Patrono Santiago, que en la actualidad ya sería parte de la identidad comunitaria de la provincia de Mendoza.

La Corte destacó que no se había producido evidencia de que, en los actos, se desplegaran imágenes religiosas o se llevaran a cabo actividades rituales, como rezos públicos. También señaló que la resolución dejaba en libertad a cada persona para decidir si participaba o no en los actos en cuestión. Por último, resaltó que no se habían identificado prácticas discriminatorias hacia personas que, de hecho, con total libertad, habían decidido no participar en los actos.      

La Corte no hizo ningún análisis respecto de un posible uso de partidas presupuestarias para sufragar el costo de las ceremonias. Ello se debe a que, en la Argentina, a diferencia de otras jurisdicciones, como los Estados Unidos, el aspecto presupuestario no suele ser usado como argumento en esta clase de casos.

Hay una razón por la que ello es así: el artículo 2° de la Constitución Nacional establece que el gobierno federal «sostiene» al culto católico. El «sostenimiento» alude a que el gobierno federal destinaba partidas presupuestarias para, por ejemplo, las remuneraciones de los sacerdotes y el mantenimiento de las iglesias. Eso formaba parte de las funciones del Estado argentino como sucesor de la Corona española y del patronato de Indias.

De ese modo, en Argentina, el argumento de la neutralidad del Estado se refiere a que el Estado apoye el adoctrinamiento religioso a través de medidas no vinculadas al presupuesto.